Los empaquetadores (conversores de "X" a "EXE"), sobre todo si son famosos pero sin buena reputación, suelen estar fichados por todos los antivirus como una "HackTool" o variantes de ese estilo, a pesar de que se usen con buenos fines ...por supuesto se conoce que otras muchas personas utilizan ese tipo de herramientas con fines ilegales.
Puedes probar el Software
ExeScript de
ScriptCode.com, nunca me dió ese tipo de problemas con Bats ni Vbs's.
De lo contrario, puedes intentar usar
Themida o algún otro protector para indetectabilizar (en la medida de lo que sea posible) tu executable.
Saludos.