Tienes permisos para eliminar la carpeta? Si es así no veo cual podría ser el problema 

Con respecto a tu pregunta anterior, lo de cambiar las rutas en el archivo, podría hacerse por ejemplo con al función replace, pero habría que ver detenidamente

Saludos

Por si acaso ejecutalo desde ms-dos con un RUNAS, algo como ..

runas /user:nombreusuario cscript.exe/nologo elscript.vbs

Saludos