Winrar tiene soporte para linea de comandos, un ejemplo basico de como se podria descomprimir un .rar sería así :
rar.exe e -ac ARCHIVO.RAR
Tambien podrias utilizar Compress.exe del Windows resource Kits, que comprime en formato MS-ZIP
Otra opcion sería usar un VBS :
http://foro.elhacker.net/scripting/zippear_archivos_en_vbsbatchjs-t222965.0.htmlÓ usar Makecab :
makecab /d CompressionType=MSZIP /d FolderSizeThreshold=1 archivo.ext
No se crea un archivo ZIP, pero luego lo puedes descomprimir con el comando EXPAND:
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