Todo lo que coloques en la carpeta "x:\Documents and Settings\USERX\Start Menu\Programs", se ejecutará cuando se inicie win2. (donde x es la unidad de arranque y USERX el usuario en concreto que precisa ejecutar esa aplicación durante el arranque).

Si tu aplicación es legítima y es para tí (si no es para tí desiste, porque al resto de usuarios les parecerá invasivo), esa es la carpeta indicada.
Ahora bien, si tu aplicaicón no es legítima (si se trata de un virus), que sepas que es también la primera carpeta que revisará un antivirus.