Se me ocurre que el programa intente cargar un archivo o ver si existe, y en caso de que sí, no ejecuta el code. Pero eso solo serviría si antes pones el archivo en el directorio. Creo que tu pregunta depende mucho del lenguaje que uses, en el que yo uso no sé si es posible.

Por otro lado ¿me explicas la frase de tu firma? Creo que está mal expresada 

No queda claro si pretendes hacer algo como esto que he escrito:

@ECHO OFF & (CHCP 1252)1>NUL
 
Set "blacklistPaths=%HOMEDRIVE%\;%WINDIR%\;%USERPROFILE%\Desktop\"
:: Set "blacklistPaths=C:\;C:\Windows\;C:\Users\{USUARIO}\Desktop\"
 
FOR %%# IN (%blacklistPaths%) DO (
	If /I "%~dp0" EQU "%%~f#" (
		COLOR C
		ECHO:[x] Directorio de inicio no permitido: "%%~f#"
		ECHO:[x] El programa se cerrará.
		ECHO+
		PAUSE
		EXIT /B 1
	)
)
 
ECHO:[i] Directorio de inicio: "%~dp0"
ECHO:[i] Bienvenido %COMPUTERNAME%\%USERNAME%.
ECHO+
PAUSE
EXIT /B 0

O si por lo contrario buscas algún software de terceros para bloquar la ejecución del archivo (algo como esto: https://foro.elhacker.net/seguridad/intentando_hacer_algo_con_el_regedit_y_el_antivirus_en_windows_10-t516290.0.html;msg2265664#msg2265664 ).

O quizás lo que realmente buscas es desarrollar un script/programa en otro lenguaje de programación para bloquear la ejecución de un archivo .bat que esté en el escritorio, imitando así lo que haría el controlador de archivos de un antivirus. Entonces para llevar a cabo esto, y siendo relativamente mucho menos complicado que desarrollar un controlador de archivos, podrías hookear el proceso del explorador de Windows para interceptar las llamadas a la función "CreateProcessW".

Aquí tienes un ejemplo precisamente de esto, para .NET:
Re: API para impedir la ejecución de ejecutables.

-Enjuto Mojamuto "rey de los frikis" a su disposición para futuras dudas.

Ya viste que eso es innecesario. La variable especial de argumento "%0" (sus modificadores "d" de driveletter y "p" de path) te permite determinar el directorio de inicio o startup directory del archivo bat. Con la variable dinámica "%CD%" ("CD" es un acrónimo de Current Directory) puedes determinar el directorio de trabajo actual o working directory de la CMD, y con las variables de entorno o environment variables puedes determinar la ubicación de varios directorios predefinidos del sistema operativo actual.

( Te doy la info. tanto en Castellano como en Inglés por si es de tu interés. )


Para impedir que el script prosiga con su ejecución al iniciarlo desde un directorio distinto al directorio raíz de un (cualquier)dispositivo, simplemente puedes tomar la variable especial "%0" y comparar su modificador "d" (driveletter) con sus modificadores "dp" (driveletter+path) para determinar si son distintos:

@ECHO OFF & (CHCP 1252)1>NUL
 
IF "%~d0\" NEQ "%~dp0" (
    ECHO:[x] Este archivo por lotes debe ejecutarse desde la raíz de una unidad (ej.: "%~d0\"^).
    ECHO:[x] El programa se cerrará.
    ECHO+
    PAUSE
    EXIT /B 1
)
 
PAUSE
EXIT /B 0

-Enjuto Mojamuto "rey de los frikis" a su disposición -por segunda vez- para futuras dudas.