Buenas.....

Aquí te dejo un ejemplo de como se puede cifrar un texto, es realmente sencillo, y cifra el texto en base a la longitud del mismo (número de caracteres)

set fso = createobject("scripting.filesystemobject")
set archivo = fso.opentextfile("c:\origen.txt",1)
 
cadena = archivo.readall
 
set destino = fso.opentextfile("c:\destino.txt",8,True)
 
For i = 1 to len(cadena)
	texto = mid(cadena,i,1)
	codificado = chr(Asc(texto) Xor Asc(len(cadena)))
	destino.write codificado
Next

Como verás, este script, obtiene todo el texto del archivo c:\origen.txt, lo codifica caracter a caracter, y lo escribe en el archivo c:\destino.txt

Es decir, que para ver este ejemplo, debes de tener el archivo c:\origen.txt con algún texto dentro (porque no hace ningún tipo de comprobación de si el texto es nulo )

Espero te sirva de ayuda 
Sigue preguntando por *.vbs que lo prefiero al *.bat, y todo el mundo pregunta por *.bat XD

Saludos