No soy ningún genio ni nada, pero creo que hay un problema. (Lo mas probable es que me equivoque)
Mirar esto:


echo **********************************************************
echo ******    PROGRAMA DE INSTALACION  ********
echo 1.- BORRAR ARCHIVOS
echo 2.- AGREGAR ARCHIVOS con atributos
echo 3.- REINICIAR EQUIPO
echo 4.- salir del menu
echo
echo **************   ******************   ********************
echo.
echo.
set /p ver=que desea hacer..?
if %ver%==1 (goto :BORRAR_ARCHIVOS)
if %ver%==2 (goto :AGREGAR_ARCHIVOS)
if %ver%==3 (goto :REINICIAR EQUIPO)
if %ver%==9 (goto :salir)

Si se supone que hay cuatro opciones (1,2,3,4) ¿que pinta un nueve aquí?
if %ver%==9 (goto :salir)

¿Y no seria mejor poner "choice"?:


echo **********************************************************
echo ******    PROGRAMA DE INSTALACION  ********
echo 1.- BORRAR ARCHIVOS
echo 2.- AGREGAR ARCHIVOS con atributos
echo 3.- REINICIAR EQUIPO
echo 4.- salir del menu
echo
echo **************   ******************   ********************
echo.
echo.
choice /C 1234 /M "que desea hacer..?" /N
if %levelerror%==1 goto :BORRAR_ARCHIVOS
if %levelerror%==2 goto :AGREGAR_ARCHIVOS
if %levelerror%==3 goto :REINICIAR EQUIPO
if %levelerror%==4 goto :salir]

PD: Repito. Es MUY probable que me equivoque, así que si pasa no me machaquéis, por favor.  

¿El "cierto archivo.exe" es de tu propiedad?, te comento esto porque entonces debes añadir la protección trial desde el lenguaje donde hayas programado dicha aplicación, no usando Batch.

Lo más conveniente sería que utilizases aplicaciones profesionales tanto para crear un instalador (InstallBuilders) como para añadir protección Trial, ya que estas cosas no se pueden hacer de manera correcta usando algo tán simple como Batch.

...Pero si quieres hacerlo en Batch entonces puedes codear un script que cree una tarea programada que se ejecute dentro de 3 meses y elimine los archivos que quieras, aunque te advierto que el usuario puede descubrir esta tarea en el programador de tareas y desactivarla si así lo desea, no esperes hallar ningún método más efectivo usando Batch.

-> SCHTASKS

O también puedes añadir una entrada al Registro del usuario actual (HKCU) para ejecutar un script Batch en cada inicio de sesión, que cuente los días.

-> Run and RunOnce Registry Keys

...Si creas la clave con una longitud de nombre mayor a 255 caracteres entonces la clave se volverá invisible en Regedit, pero usando cualquier "taskManager" profesional se pueden ver estas claves invisibles, y eliminarlas si el usuario quiere.

Saludos