Prueba así:

@Echo OFF
For /F "Tokens=*" %%# in (archivo.txt) do (Call :Command %%#)
Pause
Exit
 
:Command
echo %*
Goto :EOF

Salu2.

Sinceramente es una peculiaridad bastante rara que nunca antes habia visto, Nunca me habia encontrado con el problema que tenías respecto a las variables, Pero sin duda alguna está relacionada con la expansión de las variables.
Supongo que de algún modo, Al setear el string "%windir%" dentro de la variable del FOR, Necesitas expandirla.

Si las variables en Archivo.txt fueran así:

Esto te serviría:

@Echo OFF
setlocal enabledelayedexpansion
For /F "Tokens=*" %%# in (archivo.txt) do (echo %%#)
Pause
Exit

Salu2.