La lista de directorios que itera el For /D /R se va actualizando por cada nuevo directorio que encuentra (es decir, por cada subdirectorio que creas) y resulta en una recursividad indeseada, debes utilizar otro tipo de búcle For /F o ForFiles.

El tema de la herencia de permisos para ser sinceros no lo tengo claro, pero si no recuerdo mal Windows trabaja esos aspectos de forma automatizada, tanto el propietario cómo los permisos de un sub-directorio se heredan por si solos al crear dicho sub-directorio sin necesidad de llevar a cabo asignaciones manuales, de todas formas si me estoy equivocando puedes asignarle los permisos que quieras a las carpetas creadas, claro está.

@Echo OFF
 
Set "folderName=Nueva Carpeta"
 
For /F "Tokens=* Delims=" %%# in ('Dir /B /S /AD "*"') Do (
	Echo %%~#
	Echo    [+] %%~#\%folderName%
	Echo+
	(MKDir "%%~#\%folderName%")2>NUL
)
 
Pause&Exit /B 0

Saludos

Me faltaba la virgulilla en esta linea
xcopy c:\cape_copi "%%~#" /e

Gracias nuevamente!!