Una aplicación GUI también puede terminar su ejecución enviando, de manera intencionada, un código de salida a la consola, y en ese caso se podrá leer ese código de retorno desde la CMD.
De todas formas yo intuyo que el proceso que quieres ejecutas es CLI, así que esto te servirá (en ese caso):
Start /W "" "a.exe"
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Saludos