Te recuerdo que HTTPS = HTTP + SSL y trabaja en el puerto 443.
Squid no puede comprobar los paquetes que van por https, pero se podría hacer algún apaño.
Comprueba en el archivo CONNECT que los puertos están bien definidos:
acl SSL_ports port 443 563
acl SAFE_ports port 80
acl SAFE_ports port 8080
acl SAFE_ports port 10000
acl CONNECT method CONNECT
http_access deny !SSL_ports !SAFE_ports
http_access deny CONNECT !SSL_ports
Agrega también una regla en Iptables para SSL:
iptables -A FORWARD -p tcp --dport 443 -j ACCEPT