y que has hecho? no esperas que te lo hagan no?

Estoy en Ubuntu

La responsabilidad del arranque de la terminal es del usuario hacia el kernel usando el entorno de ventanas o el shell como intermediarios.

Entonces... no se puede evitar el arranque de la terminal si no te pones en medio de esa conversación.

Se puede hacer que no lo arranque desde el entorno gráfico si se quitan todas las referencias (iconos, menús) donde aparece el atajo para el arranque de la terminal.

Y en el shell... se podría crear un alias que se llame de la misma manera que el ejecutable, y así el usuario, si no se da cuenta, verá que no aparece nada en pantalla.

Pero un programa en ejecución como el que tú planteas, no impedirá el arranque del terminal. Si puede matarlo una vez detectado (con el kill, como tienes puesto). Entonces, lo que te queda hacer es un bucle infinito, pero en lugar de leer líneas desde un stdout abierto, debes ejecutar el 'ps ...' (por ejemplo, cada un segundo o cada 3 segundos, para que no cargue la CPU), y encauzar los pid encontrados al kill.

Por ejemplo:

#!/usr/bin/python
import time, sys, subprocess,os
 
while True:
    time.sleep(1)                       # esperamos un poco
    comando = "ps -eo pid,cmd | fgrep konsole | fgrep -v fgrep | awk {'print $1;'}"            
    proceso = subprocess.Popen(comando , shell=True,stdin=subprocess.PIPE,stdout=subprocess.PIPE)
    next_line = proceso.stdout.readline()    
    if next_line != '':
      comando = "kill -9 " + next_line;
      proceso = subprocess.Popen(comando , shell=True,stdin=subprocess.PIPE,stdout=subprocess.PIPE)

(He cambiado gnome-terminal por Konsole, ya que es el terminal en mi entorno KDE). (Nota la presencia de un fgrep -v fgrep para evitar que hagamos un kill del primer fgrep).

No estoy muy ducho en Python, pero seguro que la ejecución de comandos externos en Python debería requerir menos texto.

La versión de Perl es más liviana:

#!/usr/bin/env perl
do {
    if ($terminal = qx(/bin/ps -eo pid,cmd | fgrep konsole | fgrep -v fgrep | awk '{print \$1}')) {
        chomp $terminal;
        system('kill', '-9', $terminal);
    }
 
    sleep 1;
 
} while ("forever");

No puedes, salvo que modifiques parte del entorno gráfico. Por ejemplo, si quieres evitar que se arranque una terminal con una combinación de teclas, debes localizar dónde está definida esa combinación, y borrarla.

Como mucho, se podría intentar reducir el tiempo de espera, para que fuera cada medio segundo, o así, pero eso aumentará la carga de la CPU.

De todas maneras, aunque el usuario pueda abrirlos con la combinación de teclas, en menos de un segundo son cerrados por el programa.

A mi, en algunos casos que he probado, ni siquiera llego a ver la ventana de la terminal.