Buenas xadap.
No te entiendo correctamente, entiendo que haces un rutina que modifica las letras de lo que se escribe por otras, y claro esta que si no se escriben en un textbox no las obtenes, ok, lo que haria yo en tu lugar es detectar cuando son usadas las teclas para copiar / Pegar y en ese momento copiar el contenido en una string y asi poder usar tus rutinas para modificarlo.
El codigo para obtener lo que se copia podria bien ser parecido a este:
Function PedirClipBoard ()
Dim String as string
String = Clipboard.GetText
End Function
Y luego usas tu codigo para cambiar los caracteres de String
Saludos.