Buenas

Yo soy estudiante de programacion y mi nivel de programacion en java es bastante alto, pero tengo que realizar un proyecto y quiero hacer un software un poco mas profesional, mi idea es desarrollar el software de una manera mas limpia, por ejemplo desarrollar el software por capas, ocurre que no termino de entender esta forma de programar, si alguien me echa un cable estaria muy agradecido.
   
Documentacion, lo que sea, si no conoceis nada asi, haber si podeis darme algun consejo para que el software sea mas legible  y menos lioso.

Por que me ocurre lo siguiente, cuando empiezo un proyecto al principio todo comienza bien pero se empieza a complicar cada vez mas, hasta que el codigo es imposible, no quiero que me pase otra vez


Un saludo