Eso es una mera suposición.

De todas formas @okik sinceramente no tiene mucho sentido que sigamos debatiendo este asunto cuando para empezar el usuario que formuló la pregunta no ha vuelto a dar señales de vida (a pesar de haberse conectado recientemente), en mi opinión es mejor que no hagamos más el tonto ofreciendo ayuda en este post investigando algo que implica esfuerzo y escasea de documentación... puesto que probablemente el esfuerzo nunca se verá agradecida ni para ti ni tampoco para mi , al menos eso es lo que haré yo, ignorar este tema.

Saludos!

ya lo encontré   

Realmente es muy simple, busqué entre mis snippets modificaciones de ventana, en los cuales les envío un mensaje  a una ventana para cambiar los menús la barra añadir cosas, obtener informción, etc.

Y finalmente es de lo más simple. Simplemente ocultando la ventana con ShowWindow. Más bien eliminando el modo 'ventana'

   <DllImport("user32.dll")> _
    Shared Function ShowWindow(ByVal hWnd As IntPtr, ByVal nCmdShow As Integer) As Boolean
    End Function

Obtienes el handle mendiante Process, con NET por ejemplo:

     Dim NommbreAppa As String = "Notepad"
        Dim HwndProcess As IntPtr = IntPtr.Zero
        For Each Proceso In Process.GetProcesses()
            If Proceso.ProcessName = NommbreAppa.ToLower Then
                HwndProcess = Proceso.MainWindowHandle
            End If
        Next

y luego le cambias el estado a oculto:

ShowWindow(HwndProcess, 0)

hay que poner 0, para ocultarlo 1 para minimizado y 2 para normal.

Sin embargo una vez oculto (bueno sin ventana) Process.GetProcesses(), no encuentra el proceso. Lo digo por si luego se quiere cambiar el estado a Visible.
Entonces hay que usar otro código para obtener el handle de un proceso sin ventana. Hay algunos por ahí.


pero.... no se si el truquillo funcionaría con todo tipo de procesos, si al hacer clic en el icono es posible maximizar la aplicación o mostrarlo en ventana, en principio si que debería funcionar.

Si la aplicación no está en modo ventana entonces Process.getProcesses no encontrará el handle. Es necesario que esté en modo ventana.,

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...Estoy buscando uno que tenía que desactivaba el icono pero no lo encuentro 

El método era similar. Me cachis a ver si lo encuentro