No he utilizado java con arduino, pero si ambos por separado.
Puedes enviar código por el puerto serie.

Mira el ultimo ejemplo:  

http://playground.arduino.cc/ArduinoNotebookTraduccion/Serial


Una vez lea los caracteres correspondientes puedes agruparlos en una variable o matriz. Luego es crear una función o método y dentro ya tratas los datos como tu gustes.

si quieres enviar un numero de 6 cifras, creas un vector y luego dentro de una función le dices que a=vector.

PD: Es posible que luego tengas que hacer casting para diferenciar numeros de carácteres.