Eso depende de tus necesidades de programación ...del enfoque que le quieras dar, y también de tus preferencias personales en lo referente a gustos y comodidades, ya no solo por el cambio positivo o negativo que supondría según los gustos de cada individuo sobre la diferencia de estética/interfáz/movilidad del S.O, sino por las diferencias internas que se notan en la programación, ya que en Linux se manejan de forma distinta los Sockets, los Handles, los Threads, etc, y claro está, la API del Kernel es muy distinta a la API de Microsoft Windows, aunque de todas formas ...yo de Linux no entiendo mucho ya que lo he usado más bien poco.


Yo te aconsejo que primero resuelvas la duda que te ha llevado a plantearte esa otra duda, por que la elección de un S.O debe justificarse con algo más que unas limitaciones del S.O que quizás nunca te lleguen a afectar en tu entorno.

¿Cual es tu preocupación respecto a las limitaciones que hayas escuchado sobre Windows?.

Generalizando, si desarrollas una aplicación bajo un (buen) lenguaje multi-plataforma o un (buen) lenguaje que solo corra en Windows ...no te va a faltar de nada, y en Linux tampoco, claro está.

Saludos.