Descargué el código fuente en formato zip,de cierto software con intención de compilarlo yo mismo, pero cuando intenté descargar los submodulos con "git submodule update --init" me dio un error de que no era un repositorio de git.

Lo pude resolver buscando en internet, entonces cree el repositorio con "git init" y después agregué todos los archivos con "git add . " Y luego use "git commit -m "inicial" "(no se para que sirve).
Pero aún así sigo sin poder descargar los submodulos cuando meto el comando no pasa nada, también está la opción de agregar los submodulos uno por uno con "git submodule add" pero no me parece una buena opción, tiene que haber una manera de cargarlos desde el archivo . gitmodules pero no eh encontrado como hacerlo.

Nota: no sé nada de git, normalmente solo uso el comando "git clone" el cual crea el repositorio local automáticamente, pero en el caso del software que quiero compilar, ya no estaba disponible en GitHub y tuve que descargar el código fuente de archive.org en formato zip, no tengo idea de cómo configurarlo yo mismo.

No te entiendo muy bien, lo siento.

Intenta reproducir la problemática que tengo.
Busca el código fuente de cualquier software en GitHub que tenga submodulos( puede ser dolphin emulador por ejemplo) y usa la opción de descargar como zip y entenderás mi problema.
No es lo mismo descargarlo en formato zip que clonarlo con git clone.

Si tratas de usar el comando git submodule update te dará un error de que no existe el repositorio.