Hace tiempo me recomendaron uno que era tipo Paint, pero toma mucho tiempo escribir las cosas y hacer las líneas. En Flash también, pero queda más prolijo. Luego está el organigrama de Word y Excel, aunque no sé si eso te servirá.

Espero que otro usuario te sepa decir mejor 

PÁGINAS WEB

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Una muy buena alternativa si los diagramas no son muy grandes es Lucidchart. Es una página web que permite hacer infinidad de diagramas y a mí parecer con una interfaz bastante simple y amigable. Si te ves en la necesidad de hacer diagramas muy grandes puedes valorar el premium.

Otra web que te puede servir como alternativa es Vertabelo. Esta en cambio la versión gratuita solo te permite usarla un tiempo limitado con el correo registrado (siempre tienes la opción de usar otros correos... )

PROGRAMAS

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Si utilizas algún IDE puedes buscar plugins para la creación de diagramas. En Eclipse por ejemplo sé que está Papyrus.

Otro programa pueda ser VisualParadigm pero este es de pago y la versión de prueba es de tiempo limitado.

Y si te gusta hacer las cosas muy retro pues tienes ArgoUML. Es totalmente gratuito pero tiene algunas pegas como que el proyecto está abandonado desde hace años y algunas funciones básicas como Ctrl+Z y otras no están disponibles. Pero como última opción te puede servir...

Suerte.