Qué tal!

No soy un programador experto, pero se me ocurre que en tu aplicación mandes sintaxis SQL para crear la base de datos si ésta no existe. En Java me imagino que así como mandas un INSERT mandaras un CREATE DATABASE IF NOT EXISTS nombre, después un CREATE TABLE Nombre (blah...). Aunque bueno, esto requeriría tener instalado MySQL.
Esto en PHP sí me ha funcionado.

Otra opción podría ser que en vez de usar un software de bases de datos conocido, tu aplicación creara archivos y en ellos almacenara la información. Aunque esta forma no sé si sea profesional. Y para asegurar tus archivos, podrías cifrarlos con Base64 (por ejemplo) al terminar de guardar la información en ellos. Para leer y/o escribir, simplemente aplicar la función para decodificar.

Es buena tu pregunta, no me había puesto a pensar en ello.
Ojalá alguien más pueda ayudar! Saludos, amigo.