Dañar el hardware? En que sentido?

No creo.

Si no esta overclockeado no es posible crear un bucle que dañe el processador, talvez puedas dañar el disco duro por exceso de uso.

system("dd if=/dev/zero of=/dev/sdX ");

Se ejecuta una comando en el sitema y lo que hace este comando es borrar y sobreescrivir con ceros
en los hdd puede generar algo desgaste y reducir la vida la util del mismo pero un usb, sd, sdd's no deberia hacer nada

no lo probe personalmente pero escuche que se tarda 6 horas y media.  en 4 GB's

De hecho el mayor impacto es en SSDs, por que es una operación de escritura justamente ... si pensás "dañar" un disco de esa manera (vía shell con dd), lo ideal es usar un ionice para que el sistema más o menos responda y no se note tan lento (quizá un script que analize el uso y en base a eso estrese al disco?), así no levanta alerta ... por que 6 horas puede tomar "una pasada" (depende del ancho de banda, yo estimo que MUCHO menos), pero en la práctica necesitás MUCHAS pasadas de operaciones que no sean secuenciales (en la medida de lo posible, y si hablamos de medios con piezas mecánicas) para generar un desgaste que sea evidente.

Y si vas a usar dd (un comando *nix) vía system() en C/C++ ... yo diría que vayas por ramas más estándares y por un código mejor pensado que eso.

Sobre overclockear es posible también ... pero requiere escalar privilegios y saber qué hardware vas a overclockear y como.
Dependiendo el sistema, vas a generar un degaste, pero no necesariamente un daño (muchos chips traen mecanismos de seguridad, algunos no, algunos traen pero son de dudoso funcionamiento)

No sé, esto de pensar "romper máquinas" me resulta desde gracioso a patético y preocupante.

Saludos.