Hola

Bueno lo que primero se tendría que hacer es declarar la matriz de cuanto por cuanto, algo como matriz[4][4] o del tamaño que la quieras, y después podrías utilizar dos for anidados uno para las filas y otro para las columnas y despues que dentro te pregunte por el elemento que quieras ingresar y lo guarde en la posición que le corresponda

por ejemplo si es la fila i y la columna j lo guardas

scanf("%d",&matriz[i][j]);