Hola daryo. Estoy trabajando en tu proyecto pero por favor explícame que significa la parte de:


???

Ok, entiendo. Bueno yo humildemente hubiera trabajado la parte de convertir a chuck_norris de una manera diferente y creo que más breve. Tomo el array binario y agarro el primer digito. Luego reviso el segundo, tercero, etc, y así hasta encontrar uno diferente al primero. De esa manera delimito un primer bloque y además llevo la cuenta de la cantidad de dígitos que posee.

Luego, tomo como dígito de prueba el que encontré que era diferente al primero (justo donde se terminó el primer bloque), y repito el proceso para ver cuántos son iguales a este de prueba. Repitiendo el proceso logro convertir toda la secuencia.

Por ejemplo, cuando paso el carácter 'A' (ASCII 65), su binario es '1000001', que el programa me convierte a:

   0 0 00 00000 0 0

que según creo es lo que se quiere, ¿no?

Un detalle, reutilizar apropiadamente el espacio de variables y no desperdiciar memoria, empleé la variable 'letra' para representar los dígitos del binario.

El programa, con mi modificación propuesta, es:

#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
#include <string.h>
 
/**
 * Auto-generated code below aims at helping you parse
 * the standard input according to the problem statement.
 **/
 
 
int main()
{
    char MESSAGE[100];
    fgets(MESSAGE,100,stdin);
    int size=strlen(MESSAGE);
    int letra;
    int Ascii;
    int binario[50];
    int temp;
    int contador=0;
    int reverso[700];
    int indice=0;
    char chuck_norris[700];
    int unocero=0;
    int unomas=0;
    short bloque1=0;
 
    // Write an action using printf(). DON'T FORGET THE TRAILING \n
    // To debug: fprintf(stderr, "Debug messages...\n");
    //---------------------------
 
    *chuck_norris = '\0';	/* inicializa cadena vacia */
    for (int a=0; a<size; a++) {
        if (MESSAGE[a]!='\0' && MESSAGE[a]!='\n')
        {
            letra=MESSAGE[a];//tomo el valor ascii
            if (letra<=64)
            {
                reverso[0]=0;
                unomas=1; //si es menor a el codigo ascii 64 se le pone un cero al comienzo eso es uno mas
            }
            //----------------------------
            contador=0;
            temp=letra;
 
            //convierto el numero a binario
            while (temp>0) {
                binario[contador]=(temp%2);
                temp=temp/2;
                contador++;
            }
            int conta3=contador-1; //contador es el largo de binario
            contador=contador+unomas;//si es menor a 64 se le pone un cero al comienzo eso es uno mas
 
            for (int inv=0; inv<contador; inv++)
            {
                reverso[inv+unomas]=binario[conta3];//  binario estan los numeros al reves asi que le doy la vuelta
                conta3--;
            }
 
            /* imprimimos en binario para ver el resultado */
            printf( "binario: " );
            for ( int i = 0; i < contador; i++ )
                putchar( '0' + reverso[i] );
            printf("\n");
 
            //ahora lo pasare a el codigo chuck norris
 
            /* ============= MI PROPUESTA DE CHUCK NORRIS =======================
             * --- Humildemente, Yoel.-
            */
            int i = 0;
            /* convertiremos el binario reverso a chuck norris */
            while ( i < contador ) {
                /* NOTA: al final de este while, la variable n contendra la cantidad de veces que se repite
                 * letra en el bloque actual
                 */
                int n = 0;
                letra = reverso[i];
                while ( i < contador && reverso[i] == letra ) {
                    n++;
                    i++;
                }
 
                /* ahora transcribe a la cadena chuck_norris apropiadamente segun el caso */
                if ( letra == 1 )
                    strcat( chuck_norris, "0 ");
                else if ( letra == 0 )
                    strcat( chuck_norris, "00 ");
 
                while ( --n >= 0 ) {
                    strcat( chuck_norris, "0" );
                }
                /* espacio para delimitar el fin de bloque */
                strcat( chuck_norris, " ");
            }
            strcat( chuck_norris, "| ");
            /*=============== FIN =================*/
        }
    }
 
#if 0
    for (int final=0; final<contador; final++) {
        //si bloque1=1 entonces estamos en el segundo bloque y se le agrega un cero si continua siendo el mismo del primer bloque unocero
        if (bloque1==1) {
            if (reverso[final]==unocero)
            {
                chuck_norris[indice]='0';
                indice++;
            }
            else
            {
                chuck_norris[indice]=' ';
                indice++;
                bloque1=0;
            }
        }
        //------------------------------------
        if (reverso[final]==1 && bloque1==0) //si estamos en el primer bloque y es un uno escribe en la respuesta 0 0
        {
            chuck_norris[indice]='0';
            indice++;
            chuck_norris[indice]=' ';
            indice++;
            chuck_norris[indice]='0';
            indice++;
            bloque1=1; // cambiamos de bloque
            unocero=1; //si cambia este numero es que se acabaron los unos repetidos
        }
        else if (reverso[final]==0 && bloque1==0) //si estamos en el primer bloque y es un cero escribe en la respuesta 00 0
        {
            chuck_norris[indice]='0';
            indice++;
            chuck_norris[indice]='0';
            indice++;
            chuck_norris[indice]=' ';
            indice++;
            chuck_norris[indice]='0';
            indice++;
            bloque1=1;// cambiamos de bloque
            unocero=0;//si cambia este numero es que se acabaron los unos repetidos
        }
        //----------------------
    }
    chuck_norris[indice]='\0';// se le agrega el final de la cadena
#endif
 
    printf("%s\n",chuck_norris);//escribe la respuesta
 
    return 0;
}

Te muestro la salida generada con la cadena de entrada "ABC":


ABC
binario: 1000001
binario: 1000010
binario: 1000011
0 0 00 00000 0 0 | 0 0 00 0000 0 0 00 0 | 0 0 00 0000 0 00 |


donde he usado el separador '|' para distinguir a la vista un código del otro (aunque no se si realmente necesitas eso).

Revisa y me comentas!!! 

Pues en ese caso no hay problema, pues getchar() requiere <stdio.h>, que ya la tienes.