Podrías usar strcmp.
No recuerdo mucho de C++ pero creo que con eso te comparaba dos cadenas de texto.

Un saludo

Claro, porque estas usando strings y no char[]. Las cadenas del tipo string pueden compararse sin necesidad de strcmp. Utilizar el miembro  c_str no tendría sentido en este caso.

Si el problema es de lógica, el if-else seria algo así:

    if(str==str2)
       cout<<"iguales"<<endl;
    else
       cout<<"no son iguales"<<endl; 

Si el problema es por comportamiento indefinido en tu programa, postea el código completo o una mínima expresión compilable del problema (en caso que el código original sea muy largo), porque con lo posteado es imposible saber de donde proviene el error.

Saludos

Entonces no puedo decirte mas que depures el programa revisando los valores de las cadenas relevantes en el error para ver si encuentras por donde puede venir el fallo.

Realmente no se puede saber cual es el error con el código que pusiste. Que devuelven los métodos utilizados? el procesamiento de los datos es correcto? hazte esas preguntas e intenta responderlas.

En principio verifica que contenido tienen las dos cadenas cuando supuestamente deberían ser iguales.

Saludos