Hola, tienes que vaciar el fichero stdout antes de llamar a la función sleep.

Mira aquí: http://stackoverflow.com/questions/13568388/c-sleep-function-not-working

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#include <unistd.h>
 
int main(){
 
    while(1){
 
        fflush(stdout);
        putchar('F');
        sleep(1);
        fflush(stdout);
        putchar('G');
        sleep(1);
    }
 
    return 0;
}

Un programa en C tiene implícitas dos salidas estándar y una entrada estándar.

Las dos salidas estándar son:
1. stdout, que es un buffer donde el programa escribe en él y se descarga en pantalla, normalmente, ante ciertas circunstancias.

2. stderr, que es una salida inmediata normalmente hacia la pantalla. Cuándo se escribe en ella directamente se visualiza.

printf, puts, putchar, etc. escriben en stdout. Para forzar el vaciado de ese buffer se usa fflush(stdout). fflush fuerza el vaciado del buffer de salida que se le ha pasado como argumento.