Código:
#include <MiWindows.h>
#include <stdio.h>
#include <conio.h>
#include <time.h>
#define _WIN32_WINNT 0x0500
#include<windows.h>
El código consta de más de 1000 líneas y el problema me lo da solo cuando utilizo GetConsoleWindow así que supongo que no será el problema.
El compilador es CodeBlocks.
Un saludo