Todo lenguaje .NET compila a esto: https://en.wikipedia.org/wiki/Common_Intermediate_Language

Agrego: y C# en particular es el mas cercano al CIL.

Depende de que se haga, si hablamos de un juego o un modulo de modo Kernel C++ es la herramienta adecuada, si hablamos de un programa que trabaje con base de datos o una interfaz grafica no veo problema en usar C#. Igual no desviemos mas el hilo por favor.