MATRICES

int main(){
char matriz[5][10];
int i;
int j;

srand((unsigned)time(NULL));
i = rand()%5;
j = rand()%10;

for(i = 0; i<5; i++){
for(j = 0; j<10; j++){
matriz[i][j]= 'E';
printf("|%c",matriz[i][j]);
}
printf("|\n");
}

return 0;

}

Lo que estás haciendo es generar dos números aleatorios: el primero en el intervalo [0,4] para la i y el segundo en el intervalo [0,9] para la j.
Luego estás haciendo un bucle para recorrer toda la matriz (empezando i y j en 0 por lo que los valores aleatorios ya los has perdido) y estás asignando una "E" a cada casilla de la matriz.

Como lo que quieres es generar 3 posiciones aleatorias y supongo que no sirve que la misma posición se repita 3 veces, deberás primero generar un valor aleatorio para i y para j, poner una "E" en esa posición y después volver a generar un valor aleatorio para cada variable y comprobar que esa posición no tenga ya una "E".

Lo primero: si no asignas ningún valor a la matriz te saldrá "basura" es decir caracteres aleatorios. Lo mejor es que inicialices toda la matriz con el mismo carácter (el que prefieras... un 0, un -, un *,... lo único importante es que sea un carácter, es decir, entre comillas simples y que no sea la E lógicamente).

Después de eso puedes hacer un bucle que se repita mientras no se hayan generado 3 posiciones aleatorias diferentes. Y eso cómo se sabe? Bueno pues en pseudocódigo sería algo así (el pseudocódigo no es lenguaje C, sirve para que entiendas el proceso que has de seguir pero una vez que lo entiendas debes implementar el mismo comportamiento en C).

Código:

INICIO
    MIENTRAS posicionesGeneradas < 3 HACER
        i := generarAleatorio(0,4) // creas una i aleatoria entre 0 y 4
        j := generarAleatorio(0,9) // creas una j aleatoria entre 0 y 9
        SI matriz[i][j] != 'E' ENTONCES // si esa posicion aleatoria no tiene una E...
            matriz[i][j] = 'E' // se la pones
            posicionesGeneradas := posicionesGeneradas + 1 // e incrementas el numero de posiciones en las que ya has puesto una E
        FIN SI
    FIN MIENTRAS
FIN

De esta manera si se genera una i y una j aleatorias pero ya habías asignado una 'E' ahí, no cuenta entonces y vuelve a calcularlo otra vez hasta que tengas 3 posiciones de la matriz con una 'E'.

EDIT: Repito, lo que está escrito en pseudocódigo no funciona si lo copias y lo pegas tal cual. La función <generarAleatorio(0,4)> por ejemplo no existe en C. Es para que entiendas lo que tienes que hacer y luego lo hagas como se hace en C (que en este caso es usando <rand() % 5>.