Preguntas porque no te regresaba al menu era por que en la funcion getionar jugadores despues de escoger una opcion no volvia a mostrar el menu para volver al menu principal

void Gestionar_jugadores()
{
	system("cls");
	jugador jugadores[CANTJUG];
					//inicializo todo el arreglo
	int i;
	for (i=0; i<CANTJUG;i++)
	{
		inicializo(jugadores,i);
	}
 
 
 
	int op;
	while (op!=4)
	{
		system("cls");
		printf("MENU\n");
		printf("====\n");
		printf("1-Alta de jugador\n");
		printf("2-Baja de jugador\n");
		printf("3-Modificacion jugador\n");
		printf("4-Volver al menu anterior\n");
		printf("\n\n");
		op = ingopcion();
 
		switch (op)
		{
            case 1:
					alta(jugadores);
                    break;
            case 2:
					baja(jugadores);
                    break;
            case 3:
					modificacion(jugadores);
                    break;
            case 4: menu();
					break;
        }
 
	}
 
 
}
 

y tambien habia un detalle en la funcion alta ya que scanf no leian bien la opcion de confirmar

void alta(jugador jugadores[])//problema me sigue pidiendo jugadores en vez de volver al menu
{
	char confirma;
	int nroJug;
	system("cls");
	printf("\nINGRESO DATOS DE JUGADORES");
	printf("\n==========================\n");
	nroJug = ingNroJugador();
	if (jugadores[nroJug-1].nombre.largopalabra==0)
	{
		jugadores[nroJug-1].nombre = ingresoNombre();
		jugadores[nroJug-1].apellido = ingresoApellido();
		jugadores[nroJug-1].cedula = ingresoCedula();
		jugadores[nroJug-1].fechanacimiento = ingresoFechanacimiento();
		jugadores[nroJug-1].alias = ingresoAlias();
		getchar();
		printf("Confirma Ingreso S/N");
		fflush(stdin);
		scanf("%c",&confirma);
		getchar();
		if (confirma=='N' || confirma == 'n')
		{
			inicializo(jugadores,nroJug-1);
			menu();
		}
	}
	else
	{
		getchar();
		printf("\nJugador YA existe");
		printf("\nPresione cualquier tecla para continuar");
		getchar();
	}
 
}