Es que veo que fuera del while tiends un if con un alert en caso de que falle.

if (!bRes) 
 {
 wxMessageBox("Error leyendo de puerto com1");
 //return 1;
 }

Pero ese alert no lo tienes en el if que está dentro del while.

Y reitero no tiene nada que ver si esta en msdos o en una ventana.

Saludos

Ya vi el problema que tengo, el mismo se asocia al bucle while(1) que tengo, ya que prácticamente al estar conectado a un puerto serial es infinito, constantemente esta leyendo por eso se guinda. Lo digo porque cuando coloco una condición para el cierre del mismo el programa corre sin ningún problema pero pierdo continuidad en la secuencia de los datos. Como puedo solucionar esto? el problema que corre en ms dos sin ningún problema y en una aplicación con interfaz gráfica se guinda debido al while?