Hace años cuando empeze a programar, recuerdo que me parecia una odisea eso de los Makefiles. Mas tarde adopte y modifique mi magnifica plantilla que acabe usando casi siempre

Hace poco hice un script en bash capaz de generar Makefiles listos para compilar cualquier codigo y sin necesidad de usar autotools. Espero que os sirva;

http://luinuz.comze.com/mi_web/shell_scripts.php#30
http://luinuz.x10hosting.com/mi_web/shell_scripts.php#30

Saludos.