#include <stdio.h> 
#include <stdlib.h> 
#include <iostream.h> 
 
#define NUM_ELEM 17 
 
int binario (int n);
 
int main ()
{
    int z,n,k,i;
 cout<<"dame un numero para convertir "<<endl; 
 cin>>n;
int nn3=binario(n);
cout<<nn3<<endl;
 
     system("pause");
}
//***********************************//
//**********************************//
int binario (int n)
{
 int z,x,p=0,L=0; 
int nn2[50]; 
int nn3[50];
nn2[0]=0; 
 
for (x=0;x<50;x++) 
{ 
nn2[x]=n%2; 
n=n/2; 
if(n==0) 
break; 
} 
for(z=x;z>=0;z--) 
{ 
nn3[p++]=nn2[z]; 
} 
 nn3[p+1]='\0';
 L=atoi(nn3);
return L;
}
 

• El parámetro de atoi() está mal. Tiene que ser un puntero a char.
• Se tiene que añadir std:: para cout y a cin o utilizar using namespace std.
• No hace falta mencionar que no se le añade .h a iostream.