Flex es un compilador cruzado, es decir, recibe un código y genera código para otro compilador. No deberías modificar su salida, cada vez que quieras realizar un cambio modificas el fuente, generalmente con extensión l, y vuelves a procesarlo con flex.

La salida de flex puede ser directamente compilada, sin más procesamiento. Si tienes el main dentro del fuente de lex, su salida puede ser compilada y enlazada para genera el ejecutable. Este es un ejemplo clásico de este caso:

int nl = 0, nc = 0;
%%
\n  ++nl; ++nc;
.   ++nc;
%%
int main()
{
    yylex();
    printf( "%d caracteres en %d lineas\n", nc, nl);
    return 0;
}

Procesar con flex y compilar:

$flex test.l
$gcc -o test lex.yy.c

Tienes razón, modifique el código y lo compile para probar

%option noyywrap
%{
#include <stdio.h>
int nl = 0, nc = 0;
%}
 
%%
\n  ++nl; ++nc;
.   ++nc;
%%
 
int main()
{
    yylex();
    printf( "%d caracteres en %d lineas\n", nc, nl);
    return 0;
}

'%option noyywrap' para que no requiera esta función.
Lo compilé y lo probé de este modo:

$flex lex.l
$gcc lex.yy.c -o lex
$cat lex.l | ./lex

Esta fue la salida:

193 caracteres en 19 lineas