Antes de resolver tus dudas te diré algunos consejos para mejor el código:

• main() es una función y como tal debe tener un tipo de retorno. La forma correcta de definir la función main() es:

// Version simplificada (cuando se utilizan argumentos de ejecucion)
int main() {
  //...
  return 0; // Si no se especifica, se incluye implicitamente
}
 
// Version completa (cuando se utilizan argumentos de ejecucion)
int main(int argc, char *argv[]) {
  //...
  return 0; // Si no se especifica, se incluye implicitamente
} 

• Utiliza constantes en vez de "números mágicos" (números literales que aparecen en el código sin explicación: 20). Así si de repente necesitas cambiar ese valor por otro, tan solo tendrás que cambiarlo en la definición y el resto del programa seguirá funcionando correctamente.

const int NUM_EMPLEADOS = 20;
 
int main() {
  int ventas[NUM_EMPLEADOS];
  for(int i = 0; i < NUM_EMPLEADOS; ++i) {
    //...
  }
} 

• Utiliza funciones que hagan una tarea específica. Así tendrás el código más limpio, no repetirás código y podrás reutilizar una función tantas veces como necesites:

int calcularSumaTotal(int array[], const int longitud) {
  int total = 0;
  for(int i = 0; i < longitud; ++i) total += array[i];
  return total;
} 
 
int main() {
  int ventas2019[NUM_EMPLEADOS];
  int ventas2020[NUM_EMPLEADOS];
  //...
 
  int totalVentas2019 = calcularSumaTotal(ventas2019, NUM_EMPLEADOS);
  int totalVentas2020 = calcularSumaTotal(ventas2020, NUM_EMPLEADOS);
  //...
 
  int promedioVentas2019 = totalVentas2019 / NUM_EMPLEADOS;
  int promedioVentas2020 = totalVentas2020 / NUM_EMPLEADOS;
 

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Ahora sobre tus dudas específicamente:

• La primera duda ya te la he resuelto en el apartado de crear tus propias funciones.
• Para calcular la comisión de cada empleado en cada año basta con lo siguiente:

const float PORCENTAJE_COMISION = 30;
 
int main() {
  int ventas2019[NUM_EMPLEADOS];
  //...
  for(int i = 0; i < NUM_EMPLEADOS; ++i) {
    printf("La comision del empleado %d en el 2019 es de: $%.2f\n", (i+1), ventas2019[i] * PORCENTAJE_COMISION / 100.0f);
  }
} 

Aparte de eso:

• Las líneas 41 y 56 no tienen sentido. Repites un cálculo 20 veces para quedarte únicamente con el último resultado.
• Además en la línea 56 estás utilizando el contador equivocado.

PD: No utilices <system("pause")>. Utiliza mejor <getchar()>. Hace la misma función y requiere de menos recursos del sistema.