for(int i = 0; i < 6; i++){
        if(i == 0){
            j = pds;
        }else{
            j = 0;
        }
        while(dia <= ndias && (j >= 0 && j < 7)){
            m[i][j] = dia;
            dia++;
            j++;
        }

uno de tus errores (si es que hay mas) está aqui...
en el while
ciclo 1: j=2, dia=1 -> j=4, dia=2
ciclo 1: j=3, dia=2 -> j=5, dia=3
ciclo 1: j=4, dia=3 -> j=6, dia=4
ciclo 1: j=5, dia=4 -> j=7, dia=5
el ciclo se rompe porque  porque j pasa a ser 7 ergo no llega al dia 5

pero no estoy seguro por que se salta los siguientes dias

para ser sincero yo lo habría hecho linearmente con division y modulo

for(i=0; <=ndias; i++){
  int x = (i+pds) % 7
  int y = (i+pds) / 7
  m[y][x] = i+1;
 
}

y te ahorrar andar trabajando con mas de 1 dimensión gracias a la magia de las matemáticas XD

Después de estar un buen rato buscando dónde podía estar el fallo, he terminado por probar el código personalmente y... Esta es la salida que he obtenido:
Por lo que no hay ningún error. No sé si es que lo has escrito manualmente y entonces has "corregido" el error sin darte cuenta o es que has modificado algo y lo estás ejecutando sin volver a compilarlo pero ya ves que funciona. Obviamente se puede mejorar como ya te han demostrado pero correcto es. Por ejemplo esta parte:

if(i == 0)
    j = pds;
else
    j = 0; 

La condición del <if> va a ser cierta una vez (en la primera iteración). Por lo que se puede poner directamente el valor de <pds> a la <j> antes del bucle.

int dia = 1;
int j = pds;
for(...){
    while(...){
        // el cuerpo del while
    }
    j = 0; // actualizamos siempre a 0 despues de la primera iteracion
} 

---

Y respecto a la solución que te ha dado @engel lex, también es correcta. El resultado es el mismo que he mostrado antes. Comprueba que estés guardando y recompilando el código con cada modificación o si estás usando un IDE prueba a cerrarlo y volver a abrirlo.

Ya nos contarás si consigues solucionarlo y cuál era el problema al final. Suerte

Buenas señor@s,
estaban ustedes en lo cierto, he descargado otro editor de texto y he actualizado la versión del compilador y no me da ningún problema.

Gracias igualmente por la ayuda que me habéis prestado. Un saludo!! =)