Bueno el mensaje de windows es que si permitas al programa editar el equipo, esto lo hace cualquier programa o juego no tiene porque infectarte.
Cierto, pero si alguien quiere instalar malware en tu ordenador, o lo consigue adjuntar a alguna distribución de algún producto que estés buscando... en cuyo caso se instalará sin que te des cuenta pensando que únicamente estás instalando el programa que querías... o aprovecha vulnerabilidades y fallos en tu sistema operativo para colarse sin que te des cuenta y en el momento más inesperado (navegando por internet, abriendo un correo electrónico, .... ) en este caso dudo mucho que veas una alerta de windows.