Muchas gracias por las respuestas, en especial x64core me lo ha dejado más claro la idea, pero yo busco pasarlo a la práctica, es decir, pasando a la práctica en c lo que habría que hacer sería:

1. Tendría que cifrar el código binario con un algoritmo, y esto lo hago mediante un programa externo que ya he creado en C.

2. Coger ese código ya cifrado, he introducirle en otro código que he creado preparado para cargar con el código cifrado, y que contiene las claves para la desencriptación, pero esto es lo que no se hacer.

Saludos