Creo que te referis a los archivos .h no?
si es asi que mejor que wikipedia:
http://es.wikipedia.org/wiki/Archivo_de_cabecera

Básicamente en un header, vos codeás los prototipos de todas las funciones que utilizarás en el source, además de constantes, algunas variables de ese ámbito.
Se puede dividir un programa entero de un solo source, a varios sources diferentes (con sus respectivos header files) y al momento de juntarlos a todos en el source principal (generalmente donde se incluye al main) sólo debes incluir estos .h (como, por ejemplo, hacés con stdio, stdlib, etc).
Gracias a esto, podés utilizar las funciones que declaraste en los header, y que implementaste en su respectivo source! (un archivo .h para declarar, un archivo .c o .cpp para implementar).
Espero que se haya aclarado un poco!

cuando agregas un archivo .h le indicas al preprocesador que vas a utilizar una funcion o variable , contantes que se encuentra
en ese archivo.  bueno esto se hace por legibilidad ya que todo el codigo en un archivo cpp no seria muy ordenado digamos
tambien por ejemplo tenemos el archivo windows.h que en donde se tiene que agregar para usar las APIs ya que en este
archivo contiene las direcciones de los archivos que son necesario para usarlas
en estos archivos tambien pueden haber includes, osea que pueden depender de otros .h
asi cuando es compilado se enlaza los objetos que has ocupado en tu cpp asi sin tener que agregar codigo por codigo

EDIT:
Ya habia respondido Ferno no voy a borrar lo que escribi
Advertencia - mientras estabas escribiendo, fueron publicadas 2 respuestas. Probablemente desees revisar tu mensaje.

En el .h lo que haces es declarar las funciones que vas a implementar en el .c y utilizar en algún otro source. Es decir, declarar los prototipos, constantes, etc.
Este archivo .h junto con su respectivo .c, funcionará como una entidad aparte o una parte de tu programa entero.

Las ventajas que tiene es que puedes utilizarlo en todos los programas que quieras, porque al ser una entidad aparte, éste funciona de tal manera (dependiendo de las precondiciones y postcondiciones) que no cambiará, independientemente del programa en el que lo utilices. Estará disponible siempre y cuando incluyas el header en el .c donde utilizarás las funciones que éste posea. Además de que simplifica mucho el debugging porque si ya trabajaste con esta función creada, sabes que no contiene ningún error siempre y cuando estés cumpliendo las precondiciones!

Ejemplo:
Vos querés hacer un programa que haga un número elevado a otro (potencia).
Pero claro, por qué no mejor dividirlo, creo una función que potencie dos números en un archivo aparte, y luego podré utilizarla no sólo en éste, sino en todos los programas que se me antojen. Pues bien, creo un .h y declaro mi funcion "potencia". Ahora creo un .c, e implemento mi función potencia (incluyendo, obviamente al header para que reconozca el prototipo de la función).

Pues bien, ya tengo mi .h con una función potencia y su respectivo .c donde está implementada. Ahora puedo crear todos los programas que quiero, incluyendo el .h donde está mi función potencia y utilizarla! Así como incluyes el stdio para utilizar scanf y printf o el stdlib para alocar y liberar memoria, etc.

Te recomiendo leer sobre TDAs. Justamente, este conjunto de archivos header y source se conoce, comúnmente, como Tipo de Dato Abstracto.

PD: Quizás te oscurecí más de lo que te aclaré, pero leyendo algo sobre TDA te irás dando cuenta, cualquier cosa vuelve a preguntar y trataré de aclararlo mejor

En teoría sí. Pensalo análogamente como una librería.