Supongo que dentro del for que has usado para recorrer el string, tendras que poner alguna condición para que solo entren los que tengan x enfermedades...
Siento no ser de mucha ayuda, pero los Array los he tocado poco en general, he implementado mucho con Base de datos y con Archivos...pero los array en general solo los he usado para cargar archivos temporales desde la base de datos.
Te pongo un ejemplo a ver si te sirve:
Primero recorres el array de pacientes, buscando a todos los pacientes, luego dentro de este, recorres el array de enfermedades buscando el id de ese paciente y dentro de este último, pones un if con el número de enfermedades que tenga y, todo esto, lo metes en una variable.
algo mas visual.
for (int i=0; i<pacientes.size();i++){
if(pacientes.get(i).getSexo().equals(s)){
String NombrePaciente
= paciente.
get(i
); --> //Aqui coges el nombre del paciente }
}
for (int a=0; a<enfermedades.size(); a++){
if (enfermedades.get(a).equals(NombrePaciente)){
String Paciente
= enfermedades.
get(a
); --> //Con esto consigues el número de enfermedades del paciente }
}
Sería algo asi, solo quedaría (CREO) comparar PACIENTE con la cantidad de enfermedades que quieras sacar de ese paciente.
PD: No he probado el código, no se si funcionará asi o no, pero al menos es una idea de como debería ir
Espero que te sirva