Para PHP, JS, CSS me gusta bastante Atom. Instalándole paquetes puede aumentar mucho su funcionalidad. También uso ST3.

Para JEE, utilizo Eclipse Luna.

Para lo primero se me ocurre algo así:

// Listen for changes in the text
textField.getDocument().addDocumentListener(new DocumentListener() {
  public void changedUpdate(DocumentEvent e) {
    searchCoincidences();
  }
 
  public void searchCoincidences() {
    String text = textField.getText();
    for (int count = 0; count < model.getRowCount(); count++)
    {
      if(model.getValueAt(count, 0).toString().indexOf(text) != -1)
      {
        hightlightRow(count);
      }
    } // [end for]
  } // [end method]
 
});
 
public void highlightRow(rowIndex)
{
  // tienes que aplicar un table rendering para cambiar el color de la fila
}

Para lo segundo, lee un poco sobre eventos de teclado y lo conseguirás.

En el código que has puesto, haces uso de una matriz Object. Bueno, siguiendo la convención de buenas prácticas de programación en Java, no es muy recomendable hacer ésto ya que tu matriz, array o lista es demasiada genérica. Ésto es válido por supuesto desde el punto de vista si es necesario.

En vez de usar matrices usa Lists. El proceso sería muy sencillo:

class Test
{
	public static void main(String[] args)
	{
		List<Object[]> data = new ArrayList<>();
 
		data.add(new Object[]{true, "", "", 0, 1, ""});
		data.add(new Object[]{false, "", "", 0, 1, ""});
		Helper.addData(data, new Object[]{true,"A","B",1,0,"C"});
		Helper.showData(data);
	}
 
	private static class Helper
	{
		public static void addData(List<Object[]> data, Object[] value)
		{
			data.add(value);
		}
 
		public static void showData(List<Object[]> data)
		{
			for(Object[] row : data)
			{
				System.out.println("Fila: "+Arrays.toString(row));
			}
		}
	}
}

Si quisieras obtener un dato de un arreglo en específico:

System.out.println(data.get(0)[3]); // Muestra '0'