un ejemplo simple de lo que querés hacer, obvio que lo tenés que adaptar a tus necesidades.
import tkinter as tk
import time
def cuenta_atras():
# inicio en 3 minutos
for t in range(180, -1, -1):
sf = "{:02d}:{:02d}".format(*divmod(t, 60))
time_str.set(sf)
root.update()
# espera 1 segundo
time.sleep(1)
root = tk.Tk()
time_str = tk.StringVar()
# esta es la parte del label
label_font = ('helvetica', 40)
tk.Label(root, textvariable=time_str, font=label_font, bg='white',
fg='blue', relief='raised', bd=3).pack(fill='x', padx=5, pady=5)
tk.Button(root, text='Count Start', command=cuenta_atras).pack()
tk.Button(root, text='Count Stop', command=root.destroy).pack()
root.mainloop()