Hola, me imagino que cuando hablas de correlativo te refieres a tener un índice único para cada registro.
Esto lo solucionas fácilmente creando para cada tabla el ID correspondiente y asignándole el tipo INT AUTOINCREMENT. Tendrás que mirar en qué base de datos trabajas ya que en cada una puede nombrarse de una forma distinta (no muy distinta).
Acuérdate también que si tienes tablas relacionadas (que las tendrás seguro), intenta que las relaciones sean por el ID, que como será único, no te dará ningún problema.
En cuanto a la BBDD, depende de lo que quieras hacer. Si la app es de escritorio te recomiendo MySQL que es gratuita, o si no, ya de pago, SQL Server (gratis hasta cinco usuarios también). Si además vas a hacer una app para móvil/tablet, tendrás que usar también SQLite y ver cómo sincronizar los movimientos hechos en el dispositivo móvil con la BBDD del servidor.
Para el correlativo, ya te lo he contado antes, usa el INT AUTOINCREMENT y olvídate de que dos personas puedan ingresar datos con el mismo ID.
En cuanto a que puedas borrar todas las facturas, quiero entender que lo que quieres que borrando, por ejemplo, un cliente, se borren todos sus documentos y datos asociados. Para ello tendrás que usar la integridad referencial, que, en pocas palabras, es lo que te permite borrar (o no) en cascada todos los datos y documentos asociados.

Espero que te sirva.

Saludos.