Hola Distorsion,
A ver creo que tienes algún problemilla de concepto. Te comento, en primer lugar cuando tu accedes a un ordenador a través de metaesploit es imposible que salte el antivirus, tu te alojas en una DLL y eso es indetectable para cualquier equipo.
Con lo que si que podrías tener problemas es con el firewall que si que te podría bloquear el acceso.
Para alojar un troyano en el equipo remoto puedes utilizar el comando "upload" una vez que has tenido acceso a él.
Tienes aquí una guía para utilizar el framework de metasploit.
http://www.securitytube.net/groups?operation=view&groupId=10Saludos!