Podes leer el MBR usando CreateFile pasando como ruta del archivo: "\\.\PhysicalDriveX" Donde 'X' es el indice del disco duro conectado al sistema, inicia desde cero. una vez tengas el Handle utilizas ReadFile para leer como cualquier otro archivo, 512 es el tamaño. una vez el buffer con la informacion es simple ya teniendo la estructura del MBR:
http://en.wikipedia.org/wiki/Master_boot_recordQue respuesta mas basica e inutil.
El como si te dijera. facil. bajate el visual estudio y con el uso de las api correspondiente lo lograras
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