Bueno espero que te pueda ayudar algo.
En primer lugar un monitor es un dispositivo de salida por lo que conectes uno, dos o mil no vas a tener problemas con los archivos que tengas, salvo que los hayas borrado accidentalmente.
Por lo que si descartamos el borrado accidental, es posible que dependiendo de la distro que uses y como la tengas configurada en vez de en /home/Escritorio los archivos los tuvieras en /home/Desktop.
De cualquier modo antes de reinstalar nada si sabes los nombres de los archivos buscalos en todo el arbol de directorios . Ej. find / -name '<nombre de mis archivos>', siempre como root, y así podrás comprobar si los has borrado o que sucede.
Otra opción es volver a instalar los dos monitores que tenías originalmente antes de que tubieras el problema. Y descartas lo de los duendes informáticos, que como as meigas haberlos hailos.

Saludos y suerte.