es lo mismo que si lo modifico con pe editor alterando los permisos de las secciones?
Claro.
VirtualProtect se usa para cambiar los permisos de las secciones de memoria.
Por ej, si en el PE Header de un EXE, tienes definida la sección de codigo del mismo como solo lectura y quieres escribir en ella, deberas usar VirtualProtect para cambiar los premisos de la sección y habilitar la escitura en la misma...
Para eso sirve...
Saludos!