Le agregué el pause al final del script y cuando lo ejecuté me apareció esto:

! REG.EXE VERSION 3.0

HKEY_CURRENT_USER\software\microsoft\FFScript
ECHO está desactivado.
Presione una tecla para continuar . . .

El script no funcionó , no sé si habrá algún error con algún paréntesis o algo, sinceramente no tengo idea. Pero le coloqué la ruta donde tengo el prefs.js que quiero poner con la configuración del proxy dejándolo así y no funcionó :

@echo off
reg query HKCU\software\microsoft\FFScript
if errorlevel 1 (
reg add HKCU\software\microsoft\FFScript
for /f %%i in ('dir /b /d "%APPDATA%\Mozilla\Firefox\Profiles\"') do copy /Y "C:\Documents and Settings\svaldez\Escritorio\prefs.js" "%APPDATA%\Mozilla\Firefox\Profiles\%%i\prefs.js"
) else (
echo Ya existe
)

Alguna solución?

Gracias, funcionó perfecto , pero ahora enfrento otro problema y el problema es que como vos bien dijiste antes piso la configuración que ya tenía el usuario antes y lo que te quería preguntar es si existe un comando en batch para que el script se ejecute una sola vez o la primera vez que ingresa un usuario nuevo o sino la otra que se me ocurre es que en archivo prefs.js se agreguen las líneas de la configuración del proxy si es que estas no están. Creo que esta última es la mejor idea que se me ocurre para resolver esto. Si tenés idea de cómo puedo hacer esto te lo agradecería mucho. Creo que con eso ya todo estaría perfecto. Desde ya, muchas gracias.

Eso es todo lo que tengo que poner en el script o lo tengo que agregar a lo que ya armé en el script que te había comentado?

¿En qué parte del script que hice pongo el código que me pasaste? O sea, ¿me podrías poner citando el script que hice como quedaría todo con tu código? Es que creo que no te dije pero yo no sé nada de programación y sólo estoy aprendiendo algo... Desde ya, muchas gracias.

¿En qué parte del script que tengo hecho coloco lo que me decís? Creo que no lo dije pero yo no sé nada de programación. Pregunto sólo para aprender  Gracias.

No altero la configuración del usuario ya que cree un nuevo prefs.js con la configuracion normal recién instalada de firefox y sólo le agregué las variables para la configuración del proxy, el resto el usuario lo puede crear a su modo y no se pierde ninguna configuración. Lo estoy tratando de hacer lo más stándar posible.

Por cierto, no me fijo en los links que me pasaste porque sí o sí debe hacerse como lo estoy intentando hacer. Son órdenes de mis superiores. No me queda otra que hacer el script para que funcione.

Acá encontré una posible solución de configuración automática del proxy a través de un script:

rem Cambia la configuracion del proxy en el Mozilla
cd "C:\Documents and Settings\svaldez\Datos de programa\Mozilla\Firefox\Profiles\41qbe315.default\"
delete prefs.js
copy "C:\Documents and Settings\svaldez\Escritorio\prefs.js" "C:\Documents and Settings\svaldez\Datos de programa\Mozilla\Firefox\Profiles\41qbe315.default\"

El tema con el que me encontré ahora es el siguiente: Este script funciona sólo en mi usuario. En la ruta donde dice "svaldez" debería haber alguna forma de poner usuario X para así cualquier usuario podrá usar esa configuración. Luego, en la ruta donde dice "41qbe315.default" esa carpeta no es la misma en otros usuarios. Es más, a mi me cambió el nombre de esa carpeta cuando volví a instalar el Firefox en mi PC para probar el script.

En síntesis, el script casi lo tengo hecho, lo único que necesito saber es si existe alguna variable para que estas dos carpetas, se llamen como se llamen, puedan ingresar al script como carpetas X y que en cualquier sesión el script pueda ejecutarse correctamente. Si tienen alguna idea de cómo resolver esto se los voy a agradecer mucho. Desde ya, muchas gracias!.

El problema con la solución anterior es que cuando ejecuto el archivo prefs.js me tira un error diciendo que hay un carácter no válido en la secuencia de comandos. Código: 800A03F6, ademas, necesito que sea en lo posible un archivo .reg para poder añadirlo al script de inicio que te comenté antes. Si existe alguna forma de pasar este archivo a un .reg y que funcione correctamente, entonces supongo que el problema se habrá solucionado.

¿Sabés lo que pasa? A mi me piden que sea así la cosa: a través de un script de inicio, cualquier usuario que inicie su sesión en la empresa debe tener el proxy configurado tanto en el Internet Explorer como en el Firefox. Con el Internet Explorer se pudo pero con el Firefox no sé cómo hacerlo. Preferentemente tengo que encontrar una entrada de registro (como sucede en el Internet Explorer) y generar un .txt con la configuración de los valores de las llaves para el proxy de la empresa. Luego, convierto al archivo en un .reg y lo agregaría al script de inicio que tiene la empresa y problema solucionado. El tema es que no encuentro ninguna entrada de registro con la configuración del proxy del Firefox, por lo tanto, no se como conseguir una alternativa que me ayude a cumplir con lo que me pidieron. Igual desde ya te agradezco mucho tu información.