no he visto el video pero creo que el problema puede estar en la configuración de opcion de grabado. si quieres que se grabe lo que pasa por el PC debe estar en mixer. adios.
YO TE RECOMIENDO SI VAS A EDITAR SOLAMENTE EL Adobe Premier 2.0 o cualquiera. Es mucho mas intuitivo que el Affter Effects. Solo tenes que probar y quedarte con uno