package numprim;
import java.util.*;
/**
 *
 * @author jimmybibi
 */
public class operacions {
    int matriz[][]=new int[3][3];
    int c,num,f,cl;
    Scanner dato = new Scanner(System.in);
    void sbprimo(){
       f=0;
       cl=0;
       do{
       System.out.println("Ingresa un numero primo");
       num=dato.nextInt();
       res();
       if(res()==true){
           matriz[f][cl]=num;
           cl++;
           c=0;
       }else{
           System.out.println("no es primo");
            c=0;
            }
       if(cl>2){
           cl=0;
           f++;
       }
       
    }while((f<3)&(cl<3));
        }
   
    public boolean res(){
        for(int x=1;x<num;x++) {
            if(num%x==0) {
                c++;
            }
        }
        if(c==2){
            return true;
        }
        else{
            return false;
        }
    }
   
    void muestram(){
    for(f=0;f<3;f++){
        for(cl=0;cl<3;cl++){
            System.out.print("["+matriz[f][cl]+"]");
        }
        System.out.println("");
    }
    }
}


------------------------------------------------------------------------

package numprim;

/**
 *
 * @author jimmybibi
 */
public class Numprim {

    /**
     * @param args the command line arguments
     */
    public static void main(String[] args) {
        operacions mm = new operacions();
        System.out.println("Programa que almacena numeros primos");
        mm.sbprimo();
        mm.muestram();
    }
}
]

dijiste lo que tienes y quieres pero no cual es el problema :s