Los personajes 2D no tienen ningún misterio. Son un conjunto de imágenes que, según el momento, se muestra una u otra.
Los personajes 3D son un conjunto de lineas y triángulos (con texturas donde correspondan). No es más. Darles movimiento, es solo partir un personaje en múltiples objetos (pierna, torso, etc), y rotar, mover, etc, (Obviamente este es un método, de muchos que hay y habrá)
No es 1 programa para hacer personajes 3D. El caso, es como guardar la información del personaje 3D. Por ejemplo, yo suelo trabajar con
.obj. Pero al fin y al cabo, en programación, puedes hacer las cosas como tú quieras.